Ferskvandscentret har siden begyndelsen i 1987 udviklet sig til at være et nationalt center for vandmiljø og et populært kursuscenter. Her samles private virksomheder, organisationer, fagfolk fra ind- og udland, statslige forskningsinstitutioner og natur-interesserede i et tværfagligt miljø.
Centret har til huse i det statelige bygningskompleks Vejlsøhus, som ligger i en stor naturpark, omgivet af skov, Gudenåen og Silkeborgsøerne. Centret rummer møde- og konferencelokaler, værelser, fælles faciliteter, cafe, restaurant og lejemål for bl.a. miljøvirksomheder.
De aktiviteter, som knytter sig til Ferskvandscentret, omfatter videnformidling, erhvervsaktiviteter og forskning.

Ferskvandscentrets egen organisation gennemfører kurser, konferencer og undervisningsforløb inden for vandmiljø. En stor del af al efteruddannelse på vandmiljøområdet i Danmark sker på Ferskvandscentret, som også har gennemført flere internationale undervisningsprojekter.

Dertil kommer AQUA - et 4-stjernet oplevelsescenter med nordeuropas største ferskvandsakvarium og skøn naturpark med dyr og sjovt legeområde. AQUA tager den besøgende med på en utraditionel og fascinerende rejse ned i de danske søer og vandløb. AQUA åbnede i 1993 som et "omvendt" akvarium, hvor publikum går inde og kigger ud i en række store, udendørs søer med dyr og planter fra de ferske vande i Danmark.
Hvert år besøger omkring 110.000 gæster AQUA.
AQUA er statsanerkendt som videnscenter på vandmiljøområdet.