Akvariesøerne er store, åbne, udendørs akvarier, der omgiver den runde akvarie-bygning. Indenfor går du  i niveau med søbunden og kan følge årets gang udenfor i akvariesøen. Der er således tale om et utraditionelt, "omvendt" akvarium, hvor du går inde og kigger ud på dyrelivet udenfor gennem store panoramaruder.
De danske søtyper med deres særegne indhold af fisk og planter er repræsenteret ved hver sin akvariesø ligesom du kan opleve et udsnit af et større dansk vandløb med f. eks. laks og havørred. Et odderanlæg udgør et andet vandfyldt anlæg omkring akvarie-bygningen.